تتكون مراقبة المكتبات من الوحدات التالية:
١- قسم بناء المجموعات والبحوث
ويختص بما يلي :
١- وضع خطط بناء المجموعات ومصادر المعلومات وتطويرها.
٢- تلقي ودراسة احتياجات المكتبات الإسلامية من مصادر المعلومات، وتقييم هذه المصادر.
٣- متابعة ورود الكتب والمواد المكتبية، ووضع خطط توزيعها على المكتبات، وحصر مالم يرد منها وذلك بالتنسيق مع قسم التجهيزات.
٤- الإشراف الفني على المكتبات، وتقويم الجانب الفني لأداء أمناء المكتبات ومساعديهم.
٥- وضع نظم الإعارة الداخلية والخارجية للكتب والمراجع والأوعية الثقافية الأخرى، وتحليل إحصائيات الإعارة والمستفيدين من المكتبات الإسلامية.
٦- فحص الكتب والمراجع والدوريات، واختيار المناسب منها.
٧- تنفيذ المشاريع المعتمدة لتوفير الكتب والمراجع وغيرها من الأوعية الثقافية.
٨- تنفيذ الميزانية التقديرية اللازمة لشراء الكتب والمراجع والدوريات والأوعية الثقافية الأخرى.
٩- وضع النظم التي تكفل تيسير استخدام المجموعات المكتبية.
١٠- إعداد البحوث والدراسات عن المجموعات المكتبية بالمكتبات بما يدعم دورها إلى جانب تطوير الخدمة المكتبية.
١١- إعداد نشرة المقتنيات السنوية للكتب والمراجع المكتبية.
١٢- دعم وتقوية الصلة مع المكتبات الإسلامية المحلية والإقليمية والعالمية والعمل على تبادل وإهداء الكتب معها.
٢- قسم الاعداد الفني
ويختص بما يلي :
١- تصنيف المصادر والمراجع والأوعية الثقافية المختلفة وتوزيعها على المكتبات بالتنسيق مع قسم التجهيزات.
٢- تكشيف الدوريات وتصنيف موضوعاتها حسب أهميتها إلكترونيا في نظام الأفق.
٣- فهرسة المواد طبقا للتقنيات الدولية، والقواعد الفنية الحديثة مع الاستفادة من الحاسوب الآلي في تطوير وتحديث نظم التصنيف.
٤- متابعة كل ما يستجد من قواعد وتعديلات على نظم الفهرسة والتصنيف وتطبيق المناسب منها.
٥- إنشاء وتنمية التصنيف الموحد طبقا للقواعد الفنية المكتبية الحديثة، وتعميم ما يتم انجازه من هذا التصنيف علي المكتبات.
٦- عمل فهرس ورقي احتياطي لمجموعات المكتبة وتوزيعه على المكتبات.
٧- تحويل مصادر المعلومات من شكل ورقي الى شكل إلكتروني.
٨- إتاحة مصادر المعلومات على الشبكة العنكبوتية للوزارة.
٣- شعب مكتبات المحافظات
تقوم هذه الشعب بالإشراف على مكتبات كل محافظة من المحافظات ومن مهامها ما يلي :-
١- حصر احتياجات مكتبات المحافظات من القوى البشرية والمادية والعمل على توفيرها .
٢- الإشراف على الخدمات الإدارية والعمل على تحسين مستوياتها.
٣- متابعة الدوام في شعب مكتبات المحافظات.
٤- العمل على تطوير المكتبات وتنميتها وتحسين خدماتها.